佐助的消失仿佛没有任何影响，该发生的事情还是照常发生了。
春野樱拜纲手为师，一身力量得到了长足的发展，她也算是完成了自己的梦想，成为了一名强大的女忍者。
鸣人则成为了自来也的弟子，并且他还得到了村子里所有人的认可，因为他在晓组织袭村时，成功的以一己之力击退了敌人，并且感化了晓组织的首领长门，长门最后使用了轮回天生之术，复活了这场战斗中的所有死者。
结局可谓是皆大欢喜，就是不知道雨之国的百姓失去了“神”的守护之后，将会走向何方。若是他们得知自己国家的首领为了复活其他国家的忍者而自我牺牲时，又会作何感想呢？
五代火影纲手身受重伤昏迷不醒，在木叶高层的推选之下，志村团藏成为了代理火影。
不久之后，五影大会召开，五影齐聚铁之国商议如何解决晓组织的问题，可惜在场的众人各怀鬼胎，会议过程无比坎坷。
最终铁之国首领三船提议建立忍者联合军，大家共同出力消灭忍界毒瘤。
然而五影接下来又为了“谁来当联军之首”这个问题而争执不休，三船极力推举志村团藏，却又被雾隐忍者青用移植的白眼揭穿了团藏拥有写轮眼的事实，而且那只写轮眼属于幻术高手宇智波止水。
三船已经在不知不觉间被团藏的写轮眼幻术控制了，就在众人质问团藏之时，空间中突然出现了一道漩涡，带着橘色面具的奇怪男人出现在了五影大会的现场，并向他们提出了月之眼计划。
这种一听就很不靠谱的东西，自然是遭到了众人的一致反对，然而面具□□本无所畏惧，顺便还通知自己即将发动第四次忍界大战。
随后面具男便嚣张离去，这下子五影不得不成立忍者联合军了，战争一触即发！
由于某位无良穿越者带来的蝴蝶效应，很多事情都已经变得面目全非，鼬为了寻找佐助，不得不想方设法治疗自己的绝症，拖着病弱的身躯活了下来；
志村团藏也没有受到追杀而死，他依旧在考虑应该如何成为火影；
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